Correveydile 90.3 FM

Juan E. Miranda/ Alexis Patinho / Juan Camilo Cajigas

¡El último programón de 2019! Hoy entrevistamos al Dr. Juan Manuel Debernardi, investigador postdoctoral en el laboratorio del Dr. Jorge Dubcovsky. Les dejamos una pequeña biografía para que lo conozcan mejor. No se lo pierdan y sintonícenos en la 90.3 FM o en línea en https://kdvs.org/programming/listen-now/  
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En sus propias palabras: Completé mis estudios universitarios en biotecnología en la Universidad Nacional de Rosario, Argentina. Fui un estudiante sobresaliente y, en 2007, terminé los estudios de pregrado con el promedio más alto de la Escuela de Biotecnología (9.91 de 10). Poco después de terminar los estudios de pregrado, me uní al laboratorio del Dr. Javier Palatnik, que se considera un laboratorio de alto nivel en el campo del silenciamiento de ARN de plantas, con una beca del CONICET (El Consejo de Investigación Argentino) para realizar mi tesis doctoral. En ese momento, el Dr. Palatnik recién comenzaba su laboratorio después de 5 años de investigación postdoctoral en Estados Unidos y Alemania. Mi trabajo y el trabajo de mis colegas fue fundamental para posicionar al laboratorio del Dr. Palatnik como referencia en el campo de silenciamiento del ARN, que en ese momento estaba emergiendo, muy competitivo y dinámico, con la mayoría de las preguntas críticas siendo investigadas. El descubrimiento del proceso de silenciamiento del ARN reveló un nuevo mecanismo para controlar la expresión génica en organismos multicelulares. Ese mecanismo implica la acción de diferentes tipos de ARN pequeños que se dirigen y silencian la expresión de otros genes.

Mi proyecto de doctorado se centró en la caracterización de una familia de micro-ARN conservada llamada miR396, que fue poco estudiada al comienzo de mi tesis, por ejemplo, los factores de transcripción de la familia del Factor de Regulación del Crecimiento (FRC) fueron los únicos objetivos conocidos de miR396 en diferentes especies de plantas. Como parte de mi tesis, primero realicé un análisis evolutivo detallado de la red miR396. A través de este análisis, descubrí variantes de miR396 en diferentes especies, incluida una variante interesante específica para herbajes (arroz, maíz, trigo, cebada) que se ha especializado para regular los FRC con mayor eficiencia. Además, identifiqué nuevos objetivos de miR396 y demostré que la red reguladora de miR396 se ha expandido en el clado de Brassicales para regular otro factor de transcripción de la clase bHLH con funciones en el desarrollo de la hoja. Los resultados de este estudio fueron muy importantes para la comunidad del silenciamiento de ARN, ya que ayudaron a comprender una pregunta básica: ¿Cómo evolucionan las redes de miARN en las plantas? El trabajo fue publicado en PLoS Genetics en 2010 y el artículo recibió 138 citas (Google scholar).
En septiembre de 2014, me uní al laboratorio del profesor Jorge Dubcovsky como postdoctorando con una beca a largo plazo del Programa de Ciencias de la Frontera Humana (HFSP-siglas en inglés). También me otorgaron una beca posdoctoral de la Fundación Pew para América Latina, pero tuve que rechazarla porque no era posible tener dos becas posdoctorales al mismo tiempo.

En el laboratorio del profesor Dubcovsky también colaboro con otros miembros del laboratorio para estudiar el papel de diferentes ARN no codificantes en el desarrollo del trigo. Como parte de esas colaboraciones, publicamos un manuscrito que describe la red genética controlada por el sensor de luz de la planta (fitocromos). En cultivos de cereales como el trigo, se requiere un momento óptimo en las transiciones de desarrollo para maximizar el rendimiento del grano. Muchos de estos cambios en el desarrollo están regulados con precisión por cambios en la duración, intensidad o calidad de la luz. Los fitocromos son fotorreceptores que absorben la luz e inducen cambios transcripcionales a gran escala en respuesta a la variación en la calidad de la luz. Nuestro análisis proporciona la primera descripción completa de la red de genes reguladores de fitocromo en trigo (Pearce 2016).

Finalmente, a lo largo de mi carrera científica, he trabajado como revisor y / o juez del trabajo de otros. He revisado artículos en la revista G3, Planta y Gene. También he revisado cuatro propuestas de subvención para el Ministerio de Ciencia de Argentina. Mientras trabajaba como asistente de enseñanza en el Departamento de Biología Molecular, Facultad de Bioquímica y Farmacia, UNR, Argentina, integré el panel de jueces de dos proyectos de Tesis en la escuela de Biotecnología.
 
The last show of 2019! Today, we interview Dr. Juan Manuel Debernardi, postdoctoral researcher in Dr. Jorge Dubcovsky’s lab. We leave you a brief Bio, so you know him a little better. Don’t miss it! Tune to 90.3 FM or listen online at  https://kdvs.org/programming/listen-now/  
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In his own words: I completed my undergrad studies in Biotechnology in the National University of Rosario, Argentina. I was an outstanding student, and in 2007, I ended the undergrad studies with the highest GPA of the Biotechnology School (9.91 out of 10). Shortly after I finished the undergrad studies, I joined Dr. Javier Palatnik´s lab, which is considered a top-level lab in the plant RNA silencing field, with a fellowship of CONICET (The Argentinean Research Council) to perform my PhD thesis. In that moment, Dr. Palatnik was just starting his laboratory after 5 years of postdoctoral research in USA and Germany. My work and the work of my colleagues was fundamental to position Dr. Palatnik laboratory as a reference in the RNA silecing field, which at that moment was emerging, very competitive and dynamic, with most of the critical questions being investigated. The discovery of the RNA silencing process revealed a new mechanism to control gene expression in multicelular organism. That mechanism involves the action of different types of small RNA that target and silence the expression of other genes.

My PhD project was focused on the characterization of a conserved microRNA family named miR396, which was poorly studied at the beginning of my thesis, for example, the transcription factors of the Growth-Regulating Factor (GRF) family were the only known targets of miR396 in different plant species. As part of my thesis, I first performed a detailed evolutionary analysis of the miR396 network. Through this analysis, I discovered variants of miR396 in different species, including an interesting grass-specific (Rice, Corn, Wheat, Barley) variant that has specialized to regulate the GRFs with higher efficiency. Furthermore, I identified novel targets of miR396 and showed that miR396 regulatory network has expanded in the Brassicales clade to regulate another transcription factor of the bHLH class with functions in leaf development. The results from this study were very important to the RNA silencing community as they helped to understand a basic question: How miRNA networks evolve in plants? The work was published in PLoS Genetics in 2010 and the article has received 138 citations (Google scholar).
In September 2014, I joined the laboratory of Professor Jorge Dubcovsky as a postdoc with a Long-term fellowship from Human Frontier Science Program (HFSP). I was also awarded a Pew Foundation Latin America Postdoctoral Fellowship, but I had to decline it because it was not posible to hold two postdoctoral fellowship.

At Professor Dubcovsky lab I also collaborate with other lab members to study the role of different non-coding RNA in wheat development. As part of those collaborations, we published a manuscript describing the genetic network controlled by the plant light sensor (phytochromes). In cereal crops such as wheat, an optimal timing of developmental transitions is required to maximize grain yield. Many of these developmental changes are precisely regulated by changes in the duration, intensity or quality of light. Phytochromes are photoreceptors that absorb light and induce large-scale transcriptional changes in response to variation in light quality. Our analysis provides the first comprehensive overview of the phytochrome regulatory gene network in wheat (Pearce_2016).

Finally, all along my scientific career I have has served as a reviewer and/or judge of others’ work. I have reviewed articles in the journal G3, Planta and Gene. I have also reviewed four grant proposals for Argentine Ministry of Science. While working as teaching assistant in the Department of Molecular Biology, Faculty of Biochemistry and Pharmacy, UNR, Argentina, I integrated the judge panel of two Thesis projects in the Biotechnology school. 

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